Η παρακολούθηση της ισότητας, ως οριζόντιας πολιτικής, και η εφαρμογή της όπως έχει αποτυπωθεί στο Εθνικό Πρόγραμμα Μεταρρυθμίσεων (ΕΠΜ) 2005 - 2008, επιτυγχάνεται με τους ποιοτικούς και ποσοτικούς στόχους που έχουν τεθεί.

Η Γενική Γραμματεία Ισότητας, μέλος της Επιτροπής Παρακολούθησης του ΕΠΜ, έχει συντάξει ένα «Κείμενο συνεισφοράς» για την ένταξη της ισότητας των φύλων στο ΕΠΜ με άξονα τις κατευθυντήριες γραμμές της Στρατηγικής της Λισσαβόνας και συμμετέχει στην σύνταξη των Εκθέσεων Εφαρμογής.

Η Γενική Γραμματεία Ισότητας συνεργάζεται με την ΟΚΕ (Οικονομική και Κοινωνική Επιτροπή της Ελλάδος) που προετοιμάζει τη λειτουργία ΠΑΡΑΤΗΡΗΤΗΡΙΟΥ για την παρακολούθηση της Στρατηγικής της Λισσαβόνας.